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特殊法人（総出資金額２８兆８０４０億円） 独立行政法人と名前を改革した 特殊法人改革の概要
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| 内閣府所管 | 消費者庁所管 | 総務省所管 | 外務省所管 | 財 務 省 所 管 |
| 国立公文書館 | 国民生活センター | 情報通信研究機構 | 国際協力機構 | 酒類総合研究所 |
| 北方領土問題対策協会 | 統計センター | 国際交流基金 | 造幣局 | |
| 日本医療研究開発機構 | 郵便貯金・簡易生命保険管理機構 | 国立印刷局 |
| 農林水産省所管 | 文部科学省所管 | 厚生労働省所管 |
| 農林水産消費安全技術センター | 国立特別支援教育総合研究所 | 労働安全衛生総合研究所 |
| 種苗管理センター | 大学入試センター | 勤労者退職金共済機構 |
| 家畜改良センター | 国立青少年教育振興機構 | 高齢・障害・求職者雇用支援機構 |
| 水産大学校 | 国立女性教育会館 | 福祉医療機構 |
| 農業・食品産業技術総合研究機構 | 国立科学博物館 | 国立重度知的障害者総合施設のぞみの園 |
| 農業生物資源研究所 | 物質・材料研究機構 | 労働政策研究・研修機構 |
| 農業環境技術研究所 | 防災科学技術研究所 | 労働者健康福祉機構 |
| 国際農林水産業研究センター | 放射線医学総合研究所 | 国立病院機構 |
| 森林総合研究所 | 国立美術館 | 医薬品医療機器総合機構 |
| 水産総合研究センター | ;国立文化財機構 | 医薬基盤・健康・栄養研究所 地域医療機能推進機構 |
| 農畜産業振興機構 | 教員研修センター | 地域医療機能推進機構 |
| 農業者年金基金 | 科学技術振興機構 | 年金積立金管理運用独立行政法人 |
| 農林漁業信用基金 | 日本学術振興会 | 国立がん研究センター |
| 理化学研究所 | 国立循環器病研究センター | |
| 宇宙航空研究開発機構 | 国立精神・神経医療研究センター | |
| 日本スポーツ振興センター | 国立国際医療研究センター | |
| 日本芸術文化振興会 | 国立成育医療研究センター | |
| 日本学生支援機構 | 国立長寿医療研究センター | |
| 海洋研究開発機構 | ||
| 国立高等専門学校機構 | ||
| 大学評価・学位授与機構 | ||
| 国立大学財務・経営センター | ||
| 日本原子力研究開発機構 |
| 経済省所管 | 国土交通省所管 | 環境省所管 |
| 経済産業研究所 | 土木研究所 | 環境再生保全機構 |
| 工業所有権情報・研修館 | 建築研究所 | 国立環境研究所 |
| 日本貿易保険 | 交通安全環境研究所 | |
| 産業技術総合研究所 | 海上技術安全研究所 | 防衛省所管 |
| 製品評価技術基盤機構 | 港湾空港技術研究所 | 駐留軍等労働者労務管理機構 |
| 新エネルギー・産業技術総合開発機構 | 電子航法研究所 | |
| 日本貿易振興機構 | 航海訓練所 | |
| 情報処理推進機構 | 海技教育機構航空大学校 | |
| 石油天然ガス・金属鉱物資源機構 | 自動車検査独立行政法人 | |
| 中小企業基盤整備機構 | 鉄道建設・運輸施設整備支援機構 | |
| 国際観光振興機構 | ||
| 水資源機構 | ||
| 自動車事故対策機構 | ||
| 空港周辺整備機構 | ||
| 都市再生機構 | ||
| 奄美群島振興開発基金 | ||
| 日本高速道路保有・債務返済機構 | ||
| 住宅金融支援機構 |
| 食品総合研究所 | 国際農林水産業研究センター | 森林総合研究所 |
| 水産総合研究センター | 経済産業研究所 | 工業所有権総合情報館 |
| 日本貿易保険 | 産業技術総合研究所 | 製品評価技術基盤機構 |
| 北海道開発土木研究所 | 交通安全環境研究所 | 海上技術安全研究所 |
| 港湾空港技術研究所 | 電子航法研究所 | 海技大学校 |
| 航海訓練所 | 海員学校 | 航空大学校 |
| 土木研究所 | 建築研究所 | 国立環境研究所 |
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